El inicio de la historia de la institución que se convertiría en la Universidad de Coimbra se remonta al año 1290, cuando el rey D. Dinis firmó el famoso Scientiae thesaurus mirabilis. El documento, posteriormente reconocido por el Papa Nicolás IV, dio origen al Estudio General un siglo después del nacimiento de la nación portuguesa.
El Estudio General comenzó a funcionar en Lisboa en 1308, siendo trasladado a Coimbra unos años más tarde. Sin embargo, la institución acabaría desplazándose varias veces entre las dos ciudades hasta que, en 1537, se eligió la ciudad de Mondego para albergarla definitivamente.
Inicialmente, la universidad estuvo confinada al Palacio Real. Sin embargo, hoy en día los edificios que componen el campus están repartidos por toda la ciudad. Muchos de ellos – como la Biblioteca Joanina – forman parte del conjunto de monumentos elevados a la categoría de Patrimonio Mundial de la UNESCO.