A Biblioteca Joanina fica localizada no espaço central da Alta Universitária, chamado Paço das Escolas. É aqui que se encontram muitos dos edifícios e monumentos que constituem o núcleo da Universidade de Coimbra, bem como parte importante da área considerada Património Mundial pela UNESCO.
Este espaço reúne um conjunto de edifícios arquitetonicamente heterogéneo, onde se misturam estruturas com centenas de anos e construções erigidas na época ditatorial do Estado Novo. Contudo, independentemente da sua origem, todos estes edifícios são igualmente simbólicos para a Universidade e para os conimbricenses.
Além da Biblioteca Joanina, é no Paço das Escolas que pode encontrar a Sala dos Capelos, as salas do Exame Privado e das Armas, a prisão académica e a capela de São Miguel, bem como alguns dos símbolos mais icónicos da cidade: a Torre – apelidada de A Cabra –, a Porta Férrea e ainda a Via Latina.